1991. január: A Sea Shepherd II San Diegoból, a Panama-csatornán keresztül Key Westbe (Florida) hajózott. Guatemalát elhagyva felfedezte a mexikói tonhalvadász-hajót, a Tungui-t, amint annak a hálói már a vízben voltak és a fogságba esett delfinek keservesen próbáltak menekülni. Paul Watson Kapitány felszólította a halászokat, hogy engedjék szabadon a delfineket, amikor azok nem tettek eleget a felszólításnak, a Sea Shepherd II megrongálta a Tungui-t. A delfinek kiszabadultak, és Guatemala hivatalosan mondott köszönetet a Sea Shepherdnek a beavatkozásért.

1991. július: A Sea Shepherd II Trinidadból indult a térségben dolgozó, tajvani vonóhálós halászok ellenőrzésére. Barbados közelében rátaláltak egy hajóra, amely ütközéssel próbálta megfélemlíteni a Sea Shepherd II-t, melynek jobb oldala megrongálódott, Paul Watson Kapitány megtorlásul háttal beletolatott, és megrongálta a tajvani halászhajó középső részét.

Trinidadban a Sea Shepherd legénységet a partiőrség csodálatos fogadtatásban részesítette. A Sea Shepherd hivatalosan együttműködésre lépett a trinindadi és tobagoi parti őrséggel. Önkénteseink segítették a partiőrség nyomozását a tajvani halászati ipar által megvesztegetett trinidadi kormánytisztviselők után. A Sea Shepherd sajtókonferenciát tartott Trinidadban, és megnevezte a kormányhivatalnokokat, akik üzemanyag-támogatásért cserébe, lehetővé tették Trinindad és Tobago felségvizeiben az orvhalászatot. A megvesztegetett politikusokat letartóztatták. A Sea Shepherd négy puskát kézbesített a parti őrségnek, hogy az illegális vonóhálós halászatot hatékonyabban tudják felügyelni.

1991. november: A Sea Shepherd megvásárolta az egykori USA parti őrség járőrhajóját a Cape Knox-ot, melyet Edward Abbey-re kereszteltek Paul Watson Kapitány író barátjának és egyben a Sea Shepherd Igazgatósági tagjának tiszteletére. A hajót Charlestonban (Dél Karolina) vásárolták és Norfolkban (Virginia) újították fel.

1991. december: A Sea Shepherd II a Bahama-szigetekről indult, a legénység tagjai között 14 fő a brit kolumbiai Gitk’san Wet’su’e’ten nemzetségből. Erre az utazásra a hajó nevét átkeresztelték Aligat-ra, melynek a jelentése: harcos. A kampány célja feltartóztatni a Kolombusz utazásának 500. évfordulója alkalmából hajózó Nina, Pinta és Santa Maria hajókat, útközben megálltak San Salvador szigetén. A Kolombusz-karavánra Puerto Riconál találtak. A Santa Maria-t lefoglalták és csak azután engedték szabadon, amikor a Puerto Rico-i spanyol konzul aláírta a bocsánatkérő levelet az 500 évvel korábban az amerikai őslakosok ellen elkövetett igazságtalanságokért.

1991. december 20: Az ENSZ közgyűlése jóváhagyta a 46/215 számú törvényhatározatot, amely egyéves türelmi idővel, 1993. januártól világszerte betiltotta a vonóhálós halászatot.

1992. február: A Sea Shepherd II John Huntermer, míg az Edward Abbey Paul Watson Kapitányok vezetésével Key Westből (Florida) elindultak a Panama-csatornán keresztül a costa rica partok közelében fekvő Cocos-szigetre. A szigeten rátaláltak az orvvadászokra, akiket vízágyúval, bűzbombával és festékpatronokkal űztek el, az akcióról készült videofelvételeket eljuttatták a Costa Rica-i hatóságokhoz.

1992. március: A Sea Shepherd II és az Edward Abbey fellépett a tonhalhalászok ellen, akik halászat során delfineket gyilkoltak a Csendes-óceán keleti, trópusi térségében, az akció során kiűzték azokat a térségből. Az Edward Abbey kénytelen volt javításra Acapulcóban kikötni. Azonban a Sea Shepherd tavalyi, a Tungui tonhalhalász-hajó elleni fellépése miatt a mexikói hatóságok lefogták volna a hajót. Ezt elkerülendő Paul Watson Kapitány úgy döntött, hogy nyilatkozat nélkül érkezik a kikötőbe, ahol 3 nap alatt elvégezték a szükséges javítást, és amint a hatóságok felfedezték, azonnal kioldozták a köteleket és az Edward Abbey elhagyta a kikötőt, olyan gyorsan, hogy a mexikói haditengerészet hajói nem tudták utolérni.

1992. május: Egy önkéntes felmászott az illegális vonóhálós halászatot folytató Jiang Hai-ra Kaohsiungban (Tajvan). A hajót a törvények sorozatos megszegése miatt elsüllyesztették a kikötőben.

1992. június: Paul Watson Kapitány részt vett az „Environment & Development” (Környezet és Fejlődés) konferencián Brazíliában. A skandináv média számára adott sajtótájékoztatóban közölte, hogy a Sea Shepherd Conservation Society nemzetiségtől függetlenül fel fog lépni minden bálnavadászati tevékenység ellen, amely megsérti a Nemzetközi Bálnavadászati Tanács szabályozását.

1992. július: A Sea Shepherd II és az Edward Abbey Santa Cruzból (Kalifornia) elindult a Csendes-óceán Hawaiitól északra fekvő térségébe, a japán vonóhálós halász-flotta elleni beavatkozásra. A legénység levágta és elkobozta a hálókat, megrongálta az egyik hajót, és kiűzték a flottát a térségből. Az elhagyott hálókat is begyűjtötték. Az incidens miatt a japán kormány hivatalos panaszt nyújtott be az USA kormányánál. Az USA-ba való visszatéréskor a parti őrség már várt az Edward Abbey-re. Paul Watson Kapitány üdvözölte a nyomozást és a hivatalnokoknak átadta az akció videós dokumentációját. Japán visszavonta a hivatalos panaszát a Sea Shepherd ellen.

1992. szeptember: A Sea Shepherd II visszavonult Uclueletbe (Vancouver-sziget), ugyanis a szolgálatban töltött évek alatt túl sok mechanikus és szerkezeti hibája adódott, melyeket már túl költséges lett volna elvégeztetni. A Sea Shepherd II nyugdíjazása nem zajlott problémamentesen, sorsa egyenesen egy vita központjába került, miután indokolatlan magas díjakat próbáltak meg kiszabni rá. Paul Watson Kapitány ezért, miután minden értékes és használható felszerelést és berendezést leszereltetett róla, eladta a Sea Shepherd II-t.

A Sea Shepherd legénysége folytatta a kaohsiungi (Tajvan) vonóhálós halászat megfigyelését és dokumentálását. Felfedezték, hogy 43 új hajót szerelnek fel, több mint 65.000 tengeri mérföldnyi hálóval. A bizonyítékokat eljuttatták az ENSZ-hez, a vonóhálós halászat elleni tilalom alátámasztásául.

1992. november: A Sea Shepherd Honoluluban megvásárolt egy japán építésű, Tajvanban bejegyzett vonóhálós hajót. A hajót felújították és felszerelték, hogy csalétekként használják fel az illegális vonóhálós halászat elleni akciók számára.

1992. december 26: Hónapokon keresztül tartó előkészület után Paul Watson Kapitány Norvégia északi részébe utazott csapatával, az illegális norvég bálnavadászhajók felkutatására. Reineben (Lofoten-szigetek) elsüllyesztették a Nybraena bálnavadászhajót. A Sea Shepherd által kiadott sajtóközleményben a bálnavadászhajó elsüllyesztését a „bálnák karácsonyi ajándékaként” fogalmazták meg.

1993. január: A Sea Shepherd felszólította a norvég kormányt, hogy vonják felelősségre a Sea Shepherd legénységet a Nybraena, norvég bálnavadászhajó elsüllyesztéséért, de Norvégia megtagadta azt.

Paul Watson könyve megjelent: „Earthforce! An Earth Warrior’s Guide to Strategy”.

1993. március: Sea Shepherd támogatók dokumentálták, amint a Norhern Hawk, az USA-ban bejegyzett halászhajó munkásai meggyilkoltak egy közönséges kardszárnyú delfint a Bering-tengeren. A dokumentumokat eljuttatták a hivatalnokokhoz.

A Sea Shepherd töröltette az Edward Abbey kanadai kutatóhajó státuszú regisztrációját és a hajót átnevezték Sirenian-ra.

1993. április: A Sirenian Clayoquot Soundra (Vancouver-sziget) indult, a Clayoquot völgyben zajló erdőirtás elleni tiltakozásra.

1993. május: Paul Watson Kapitány megvásárolta a kanadai parti őrség egykori jégtörőhajóját, a Thomas Carleton-t Halifaxban (Nova Scotia), melyet átneveztek Cleveland Amory-ra, és 3 hónapos javítás és felkészítés után a szervezet szolgálatába állították.

1993. július: A Cleveland Amory Halifaxból Újfunland térségébe indult, hogy megakadályozza az illegális halászatot. A kanadai vizeken kívül a Cleveland Amory találkozott a kanadai kormány és rendőrség hajóival melyek árnyékként követték. Paul Watson Kapitány nagyon körültekintően járt el, amikor utasította a kubai Rio Las Casas halászhajót, hogy szedje ki a hálóit a vízből és térjen vissza Havannába. A kubaiak eleget tettek a felszólításnak, de a kanadai halászait minisztérium közölte velük, hogy a Cleveland Amory-nak nincs jogosultsága hasonló utasításokat adni. Paul Watson Kapitány megtorlásul utasította a legénységét bűzbombák dobálására a Rio Las Casas fedélzetére, majd levágta a vontatott hálót. A kubaiak ezek után visszavonultak, a Royal Canadian Mounted Police közölte Paul Watson Kapitánnyal, hogy letartóztatás alatt van. Paul figyelmen kívül hagyta a felszólítást, és egy spanyol halászhajót is kiutasított a térségből. A politikai vita eredményeként 10 kubai halászhajó elhagyta a térséget és visszatért Kubába. Veszteségeiket 35 millió USD-re becsülték. A Mounted Police válaszképpen elfoglalta a Cleveland Amory-t és letartóztatta Paul Watson Kapitányt, Kanada 200 tengeri mérföldes határán kívül. Paul Watson Kapitányt három rendbeli bűncselekménnyel vádolták, és a Cleveland Amory-t bekísérték St. Johnba (Újfunland).

1993. augusztus: A zaklatás és a bürokratikus akadályok elkerülése érdekében Paul Watson Kapitány eladta a Cleveland Amory-t. Ily módon a Sea Shepherd Conservation Socety mentesült a kanadai kormány által kirótt 30.000 USD bírság megfizetésétől, és több pénzhez jutott, mint amennyit eredetileg a hajóba fektetett.

1994. január: Egy Sea Shepherd team elsüllyesztett egy illegális bálnavadászhajót, a Senet-et Dél-Norvégiában. A nyomozóhatóság megállapította, hogy az elsüllyesztett hajó éppen egy csempészett generátorral tért vissza Dániából. A Sea Shepherd ellen nem emeltek vádat a bálnavadászhajó elsüllyesztése miatt, azonban a Senet tulajdonosát megbüntették a csempészés miatt.

Megjelent Paul Watson Kapitány „Ocean Warrior, My Battle to End the Illegal Slaughter on the High Seas” című könyve.

A Sea Shepherd Santa Monica-i irodája súlyos károkat szenvedett a Northridge földrengésben.

1994. március: A Sea Shepherd megvásárolta az angol Switzer Mercator nevű hajót, mely Whales Forever néven állt a szervezet szolgálatába és felújítását Hollandiában végezték el.

A Sea Shepherd egy olyan iparág létrehozására tett javaslatot, amely kiválthatja a könyörtelen, halálos és pazarló fókamészárlást. Paul Watson Kapitány egy expedíciót vezetett a Magdaléna-sziget jégtábláira és sikeresen bizonyította az alternatív iparág gyakorlatiasságát a fókák „nem halálos hasznosítására”: a vedlő fókakölykök szőrét kifésüléssel gyűjtötték össze. Javasolta, hogy készítsenek az összegyűjtött szálakból pulóvert, illetve hálózsák-, párna,- paplantölteléket. Paul Watson Kapitány két Magdaléna-szigeti fókavadászt is felkért, hogy vegyenek részt a fókafésülésben.

1994. június: A Sea Shepherd Whales Forever hajója ellen két, gyújtogatásos szabotázsakciót követtek el. Az első csak apró kárt okozott, a második tűz és a bekövetkezett robbanás azonban jelentős károkat okozott a gépházban, melynek elhárítása egy hónapot vett igénybe.

1994. július: A Whales Forever Hollandiából indult a Norvégia északi partjainál zajló, illegális norvég bálnavadászat elleni kampányára, mely az európai média figyelmének középpontjában zajlott. Az Andenes norvég hadihajó feltartóztatta a Whales Forever-t, megpróbálták tönkretenni a propellerét is, de Paul Watson Kapitány sikeres manőverei minden alkalommal meghiúsították a norvég kapitány kísérletét. A norvég kapitány növekvő frusztrációjából adódóan azonban elvétett egy kísérletet és nekiment a hajónknak. Az ütközésben megsérült az orr és az üzemanyagtartály, a fedélzetre több száz gallon gázolaj került, valamint az Andenes által leengedett kötelek feltekeredtek a propellerre. A robbanást a legénység gyors reagálásának köszönhetően elkerülték, közben búvárok ereszkedtek a hajó propelleréhez, hogy megtisztítsák azt. Annak ellenére, hogy az Andenes fedélzetéről kétszer is rálőttek és a fedélzet szintje alatt négy robbanás okozott sérülést a hajó testében, a Sea Shepherd legénysége képes volt megakadályozni, hogy a norvég haditengerészek a Whales Forever fedélzetére léphessenek, és el tudtak jutni a skót Shetland-szigetekre.

1994. szeptember: A Whales Forever németországi adománygyűjtő körútja nagyon eredményes volt, a Sea Shepherd széleskörű médianyilvánosságot kapott a bálnák számára. A német televízió közvetítette Paul Watson Kapitány norvég nagykövettel folytatott vitáját. A Whales Forever-t a bremerhaveni szárazdokkba vitték, ahol végre felmérhették a norvég hadihajó okozta károkat.

1994. október: A Whales Forever átszelte az Atlanti-óceánt, a Bermuda-szigetek érintésével érkezett Floridába, ahol Paul Watson Kapitány néhány hónap múlva nagyon nyereségesen eladta, a befolyt összeget egy újabb hajó vásárlására különítette el.

1995. január: A Nemzeti halászati hivatal bejelentette döntését, miszerint a kaliforniai oroszlánfókákat ki fogják irtani a Ballard-zsilip környékéről (Seattle / Washington állam) mert a tengeri emlősök fogyasztják a pisztrángokat. A Sea Shepherd San Francisco városával tárgyalt a fogságba ejtett oroszlánfókák szabadon engedéséről a San Francisco-öbölben. Továbbá a szervezet bemutatta egy hidraulikus szerkezet tervét, mely megakadályozná az oroszlánfókák feljutását a Ballard-zsiliphez, amivel elkerülhető lenne a halak védelmében történő fókamészárlás a térségben.

1995. március: A Kirchhoff Bettwarenfabrik, német ágyneműgyártó vállalat érdeklődött a Sea Shepherd kegyetlenség-mentes módszerével készülő fókatermékek iránt. Martin Sheen kinyilvánította támogatását a Sea Shepherd fókavédelmi erőfeszítése mellett. Paul Watson Kapitány, Martin Sheen és néhány önkéntes a Szent Lőrinc folyó torkolatához utazott. Mielőtt a helikopterrel felszállhattak volna, hogy eljussanak a jégtáblákon élő fókákhoz a Magdaléna-szigeteken, egy felbőszült fókavadászokból álló csőcselékbanda támadta meg a szállodát, amelyben megszálltak. Betörték az ajtókat, rárontottak Paul Watson Kapitányra és megverték őket. A rendőrség fellépése kimerült abban, hogy Paul Watson Kapitányt kitiltották a Magdaléna-szigetekről. A kampány jelentős nemzetközi médiaérdeklődés közepette zajlott.

1995. július: A Sirenian hajónk elindult Brit Kolumbiába dokumentálni a lazachalászati szezont, a halak hiányát és a folyamatos vitákat a kereskedelmi, sport és önfenntartó halászok érdekei között, valamint, hogy ki kit hibáztat a probléma miatt. A Royal Canadian Mounted Police két gyors katamaránt a Sirenian nyomába állított, a kampány teljes időszakára. Paul Watson Kapitány felhívta a figyelmet, hogy a Coho-lazacokat a kihalás veszélye fenyegeti és azonnali halászati tilalmat követelt az érdekükben. A kanadai kormány lazachalászati moratóriumot hirdetett, de visszavonta azt, miután a halászati iparból nyomást gyakoroltak az ügyben.

1995. augusztus: A Neah Bay (Washington) Makah indián törzse jogot formált a kaliforniai szürkebálnák vadászatára, hivatkozva egy 1855-ben hozott törvényre, „a kulturális és spirituális értékeiket akarták ily módon feléleszteni”. A Makah vezető közölte, hogy meggyőződése, hogy nekik joguk van kereskedelmi bálnavadászat folytatására is. Brit Columbia szerte, több mint egy tucat törzs bizonygatta, hogy követelik a halászati jogaik kiterjesztését, beleértve Makah törzs bálnavadászati igényeinek teljesítését. A Sirenian Neah Bay-i két látogatásának, a Sea Shepherd folyamatos jelenlétének, médiakampánynak és az USA kongresszusának egyik tagjával, Jack Metcalffal történő együttműködésnek köszönhetően az USA kormánya elutasította a Makah bálnavadászati igényt, mielőtt az a Skóciában megrendezésre kerülő, Nemzetközi Bálnavadászati Tanács elé kerülhetett volna.

A Sea Shepherd képviselői az ír kormány képviselőivel tárgyaltak, az ír vizeken zajló, vonóhálós halászat ellen. Az ír kormány törvénybe iktatta a vonóhálós halászatra vonatkozó tilalmat.

1995. szeptember-október: Paul Watson Kapitányt bíróság elé állították az Újfunlandi legfelsőbb bíróságon, a kormány által vádolva három rendbeli bűncselekménnyel, az 1993-as Grand Banks térségében zajló tőkehalvédelmi kampány kapcsán.  Paul Watson Kapitány a „World Charter for Nature” közösséget nevezte meg hatóságaként a bíró és az esküdtszék előtt. Az esküdtszék elfogadta az érveket és felmentették Paul Watson Kapitányt az ellene felhozott, jelentős vádak alól. Elítélték azonban egy kisebb vád miatt, mely szerint segítette Brad Ryan önkéntest, aki bűzbombát dobott (akit nem azonosítottak és ellene nem emeltek vádat). Paul Watson Kapitány 30 nap börtönbüntetést kapott, melyet 1 hét után fellebbezés hatására felfüggesztettek.

1995. október: Paul Watson Kapitányt az United Nations Assciation of Canada 1995-ös Eugene Rogers díjára jelölték, a Brit Columbiában végzett lazacvédelmi munkájáért. A díjat visszavonták, miután a Western Canada Wilderness Society tiltakozott ellene. Paul Watson Kapitány válaszolt: „Úgy tűnik, nem vesztettük el a képességünket, hogy vitát gerjesszünk. Nehéz díjat kapni akkor, ha az ember történetesen valóban tesz érte valamit, hogy megérdemelhesse azt.”