1996. március: A Sea Shepherd – 1 évvel a fókavadászok zavargásai után – visszatért a Szent Lőrinc folyó torkolatához a német Kirchhoff Bettwarenfabrik textilipari cég vezetőivel. Sikeresen, incidens nélkül gyűjtötték össze a fókakölykök vedlő szőrét, és a szakemberek elkészítették üzleti tervüket, mellyel 1997-ben kerültek volna kereskedelmi forgalomba a mészárlásmentes fókatermékek. A kanadai fókagyilkosok 250.000 fókát mészároltak le.

1996. július: A Sea Shepherd megvásárolta az Angliában regisztrált, norvég építésű hajót, a Skandi Ocean-t, mely Sea Shepherd III néven állt szervezetünk szolgálatába. A felújítás és felkészítés a skót Edinburghban zajlott.

1996. december: Az angol halászati minisztérium az ünnepek alatti szabadságolások idejére a Sea Shepherd önkénteseivel egészítette ki járőrhajóinak létszámát.

1997. március: A Sea Shepherd III próbaútja Skóciából a német Bremerhavenbe vezetett, ahol további javításokat végeztek el rajta.

1997. március: Watson kapitányt a rendőrség norvég feljelentés alapján letartóztatta Bremerhavenben. Egy napos előzetes letartóztatás után azonban a brémai ügyészség a feljelentésben szereplő ellentmondásos adatok miatt szabadon engedte őt.

1997. április-június: Tudva, hogy a norvég feljelentés akadályozhatná európai utazását, Paul Watson Kapitány április 2-án Hollandiában feladta magát. A norvég illetékesek a Nybraena illegális bálnavadász-hajó 1992-es elsüllyesztése miatt akarták bebörtönözni őt. Kiszabadításáért azonnal nemzetközi összefogás született, támogatói a norvég és a holland nagykövetségeken követelték szabadon bocsátását. A holland hatóságok megtagadták a norvég kiadatási kérelmet, és Paul Watson Kapitány 90 nap után szabadon távozhatott a börtönből.

1997. szeptember: Michael Kundu a Sea Shepherd egyik igazgatója titokban Szibériába érkezett egy média-teammel, hogy dokumentálják a szibériai őslakosok által végzett bálnamészárlást. Annak ellenére, hogy életveszélyes fenyegetéseket kapott, elutazott a monacói IWC-re, hogy ott bemutassa leleplező felvételeket. A filmes stáb megörökítette az illegális kereskedelmi bálnamészárlás bizonyítékait, köztük azt is, hogy a meggyilkolt bálnatestek jelentős része takarmányként a rókaprém-farmokra került. Oroszország továbbra is követelte, hogy „létfenntartási vadászat” céljából felmentést kapjon a bálnavadászati moratórium alól.

1997. október: A Sea Shepherd III első kampánya a Földközi-tengerre vezetett, a nagyüzemi, halászhálós halászat ellen. Az olasz érdekelt cégek bejelentették, hogy meg fogják állítani a gyakorlatot. A Sea Shepherd III szállította az USA kongresszusi képviselőjét, Jack Metcalf-ot és a makah törzs küldöttjeit az IWC monacói konferenciájára, ahol hangot adtak tiltakozásuknak, a makah őslakosi jogra hivatkozó szürkebálna-vadászati igények ellen.
A Sea Shepherd III-nak Albert herceg a Monte Carlói kikötőben biztosított szabad helyet, és meginvitálta Paul Watson Kapitányt az IWC delegációk számára rendezett, hivatalos fogadásra is. Amint Paul Watson Kapitány megjelent a fogadáson, az izlandi, norvég, japán, és karibi küldöttségek tiltakozásképpen kivonultak a teremből.

1997. november-december: A Sea Shepherd III Franciaországból Gibraltáron és Madeirán keresztül Key Westbe (Florida / USA) indult. Gibraltár és Madeira között hurrikán nehezítette a haladást, de a hajóban nem okozott kárt.

1998. január: A Sea Shepherd III Wilmingtonba (Észak-Karolina) hajózott, hogy felkészítsék a Szent Lőrinc folyó torkolatában zajló fókavédelmi kampányra a kanadai fókamészárlás ellen.

1998. január: A Sea Shepherd adománygyűjtő rendezvénye Anchorage-ben, (Alaszka / USA) hatalmas siker volt, a vendégek között volt Pierce Brosnan, William Shatnert, Alexandra Paul, Michelle Yeoh, John Paul DeJoria és Eloise DeJoria.

1998. március: A kanadai hatóságok 500.000 főre engedélyeztek mészárlási kvótát, ugyanakkor a „nem halálos” fókaiszőr-ipar beindítása a szükséges engedélyek megtagadásával kőfalba ütközött. A Sea Shepherd III megjelenésével 1983 óta az első fókavédő hajó érkezett a térségbe, hogy megakadályozza a fókamészárlást. A legénységhez a világ számos országából csatlakoztak újságírók és hírességek, hogy a nyilvánosság erejével tartsák távol a fókagyilkosokat a fókaóvodáktól. Farley Mowat, John Paul DeJoria és lánya Alexis, illetve Bronwen Booth, aki a brit first lady, Shirley Blair testvére, és Brigitte Bardot is csatlakozott a kampányunkhoz.

1998. március: Paul Watson Kapitány Életműdíjat vett át Los Angelesben, melyet Pierce Brosnan és Martin Sheen adott át.

1998. szeptember – november: A norvég kereskedelmi bálnavadász-ipar és a japán „tudományos” bálnavadász-ipar sürgetésére a makah indán törzs a jövőbéli export reményében újra akarta indítani az őslakosok jogán, 1855-ben megállapított bálnavadászatát, mely ellentétes a nemzetközi bálnavédelmi törvényekkel. A pert elkerülendő az USA illetékes hatósága engedélyt adott a makah követelésre, akik így a nemzetközi moratórium alól egyetlen kivételként „kulturális” okokból mészárolhattak le szürkebálnákat.
De mert ez az új kategória bolygónk minden nemzetének lehetőséget adott volna a bálnavadászatra, a Sea Shepherd két hajót küldött Neah Bay-be (Washington / USA), ahol csatakoztak a bálnavadászatot ellenző helyi lakossághoz és más bálnavédő aktivistákhoz. A csőcselék erőszakos fellépése, a rendőrségi letartóztatások és egyéb hivatali zaklatások ellenére az aktivistáknak sikerült megoltalmaznia a bálnákat és anélkül irányítani rá a nemzetközi média figyelmét az eseményekre, hogy a makah bálnavadászok egyetlen bálnát is zsákmányolhattak volna.

1998. október: A kanadai halászati hivatal (DFO) nyilvánosságra hozta a fókavadászat szabályozási javaslatát. Ebben megjelent a Sea Shepherd „nem halálos” fókaszőr-begyűjtési koncepciója is, mely hivatalosan elnyerte a kanadai halászati-ipar csoportjainak, környezetvédőknek és állatjogi képviselőknek, tudományos szervezeteknek, továbbá New Brunswick és Nova Scotia tartományok támogatását is.

1999. február: A Sea Shepherd támogatta Dr. Vadim Birstein nemzetközi tokszakértőt szervezetének, a „Sturgeon Society” kutatási programjában, hogy felmérje az illegális orosz kaviárkereskedelmet és annak hatását a veszélyeztetett tokokra a Kaszpi-tengerben.

1999. március: Egy Sea Shepherd önkéntes meggyőzte a legnagyobb La Paz-i (Mexikó) búvárcéget, hogy segítsenek megvédeni a Baja California öbölbe táplálékért érkező cetcápákat a búvárok és turisták zaklatásaitól. Az új szabályozás már nem teszi lehetővé, hogy az emberek túl közel menjenek, megérintsék, vagy megragadják óceánjaink legnagyobb halait a térségben.

1999. március 20: A Föld Napján, Paul Watson Kapitány megkapta az ENSZ  környezetvédelmi díját.

1999. április: A Sea Shepherd Németországban elérte, hogy az Aldi, Európa egyik legnagyobb élelmiszer-disztribútor cége felfüggessze együttműködését a Feröer-szigetekkel mindaddig, amíg azok mészárolják a gömbölyűfejű delfineket a „tradíció” nevében.

1999. május: A Sea Shepherd Sirenian hajója visszatért Neah Bayhez (Washington / USA), ahogy a szürkebálnák visszaérkeztek északi migrációjukat követve. Az önkéntesek közül többet letartóztattak, a parti őrség lefoglalta a hajót is, így a makah bálnavadászok május 19-én képesek voltak meggyilkolni egy szürkebálnát. A Sea Shepherd tovább folytatta az együttműködést a helyi lakossággal, hogy az USA hatóságait rávegyék a makah bálnavadászati záradék visszavonására és a globális bálnavadászati moratórium továbbra is egységesen legyen érvényben.

1999. június: Daniel Vairo önkéntes és unokatestvére Alexander Castro megalapította a Sea Shepherd Brazília Intézetet (ISSB) Porto Alegre-ben (Brazília), Dél-Amerika legnagyobb országának tengeri ökoszisztémájának védelméért.

1999. december: Az Erika nevű olajszállító hajó zátonyra futott a viharos tengeren a francia partok közelében, míg egy orosz tartályhajó, a Volgoneft 247 a Boszporuszon, török területen. A Sea Shepherd európai önkéntesei mindkét országban részt vettek az olajszennyezett tengeri állatok mentési munkálataiban. A holland Pieterburen Wildlife Rescue Centerben képzési program indult a hasonló jellegű katasztrófa-elhárítás elsajátítására. A török kormány egyetértett a Sea Shepherddel történő együttműködésben az olajkatasztrófa kapcsán.

2000. január: A Petrobras Oil Company csővezetéke Rio de Janeiro közelében elrepedt, aminek következtében 300.000 gallon nyersolaj került az öbölbe és a mocsarakba. A Sea Shepherd önkéntesek a koordinációtól a mentésig minden fázisban részt vettek. A Rio Grande du Sol szerződés a brazil kormány és Sea Shepherd Brazília között jött létre, a vadvilág megmentésére irányuló mentési terv egy esetleges olajkatasztrófa bekövetkeztekor.

2000. február: A Sea Shepherd III elveszítette belizei regisztrációját, miután Paul Watson Kapitány elutasította, hogy kenőpénzt fizessen a belizei hivatalnokoknak. A hajót a Kajmán-szigeteken regisztrálták, Ocean Warrior néven.

2000. március: Az Ocean Warrior a Galápagos-szigetekre hajózott. A Sea Shepherd tárgyalásokat kezdett a park vezetőségével, hogy közös környezetvédelmi őrjáratokkal segítsék az egyedülálló szigetvilág biodiverzitásának védelmét. Az Ocean Warrior a Panama-csatornán keresztül Miamiba (Florida / USA) indult.

2000. április: Paul Watson Kapitány aláírta a Rio grande du Sol megállapodást és felhatalmazást adott, hogy a Sea Shepherd Brazília felügyelje az orvhalászat elleni őrjáratot az ország déli partvidékén. Paul Watson Kapitány elkísérte Alexander Castro-t megbízatásának első járőr-útjárára.

2000. június: A Sea Shepherd csatlakozott a Maine International Ocean Wilderness megalapításához. Az intézmény kezdeményezte a 12 mérföldes védelmi határ kiterjesztését a térség ökológiai örökségének megóvása céljából.

2000. július: Az Ocean Warrior átszelte az Atlanti-óceánt, hogy Hollandiában felkészüljön a dán fennhatóságú Feröer-szigeteken zajló delfinmészárlás áldozatainak védelmére.

2000. július: Az Ocean Warrior a Feröer-szigetek térségébe érkezett, hogy megakadályozza a gömbölyűfejű delfinek mészárlását. A fedélzeten tartózkodó újságírók révén az európai újságok címlapjára került a könyörtelen mészárlás. A Sea Shepherd gazdasági nyomást gyakorolt azon cégekre, akik kereskedelmi kapcsolatban voltak feröeri halászati cégekkel, melyek a feröeri gazdaság 90%-át jelentették, kiemelten a holland bázisú, hatalmas Unilever-t. Több mint 20.000 kiskereskedelmi egység szakította meg a kapcsolatot a feröeri halszállítmányozási partnerével a Sea Shepherd felkérésére.

2000. szeptember: A Sirenian-t felkészítették a Galápagos-szigeteki 5 éves együttműködésre, melyet a Sea Shepherd az equadori hatóságokkal kötött. Az 50.000 km2-es területen eddig egyetlen hajó járőrözött. A Darwin Research Center aktívan részt vett ebben az együttműködési megállapodásban. A Sirenian feladata a környezetvédelmi járőrözés, mellyel az első külföldön bejegyzett jármű csatlakozott az UNESCO által Világörökséggé nyilvánított területre, a biológiai sokszínűség védelmének és megőrzésének céljából. A Galápagos-szigetek gazdag cápaállománya miatt, és gyenge védelmi rendszere miatt elsődleges célpontja volt az illegális ázsiai cápauszony-vadászok számára.

2000. november: A Sea Shepherd motoros gumicsónakkal támogatta a dél-afrikai Seal Alert-SA  szervezetet, hogy segítsék a dél-afrikai medvefókák rehabilitációs munkáját.

2000. december: A Sea Shepherd bírósági keresetet nyújtott be a washingtoni legfelsőbb bíróságnál, amiért a hatóságok saját környezetvédelmi törvényeiket rúgják fel azzal, hogy képtelenek megvédeni a szürkebálnákat, melyeknek drámaian lecsökkent állománya messze alulmúlja az előszeretettel hivatkozott 22.000 fős populációt. A Sea Shepherd követelte, hogy az állam teljesítse a makah bálnavadászatra vonatkozó szabályozást és a szürkebálna-populáció védelmében korlátozza azt.

2000. december: Paul Watson Kapitány Seattle-ből a Galápagos-szigetre hajózott a Sirenian-nal. A legénységhez csatlakozott Aiden Quinn színész a Costa Rica – Galápagos szakaszra.